לקראת סוף שנות ה – 80, מערכת הבריאות בארץ הייתה במצב קטסטרופלי, הן עקב שביתות מרובות, חוסר שקט ביחסי עבודה, בתורים אינסופיים לטיפולים הרפואיים, חובות שוטפים ומצטברים בבתי החולים ובקופת החולים הכללית ( הקופה הגדולה במדינה ), ועקב כך בחוסר שביעות הרצון בקרב הציבור.
עקב במצב הנ"ל ביוני 1988 החליטה ממשלת האחדות הלאומית דאז בראשות יצחק שמיר על הקמת ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת תפקודה ויעילותה של מערכת הבריאות בישראל – ועדת נתניהו. הועדה הונחתה להתחשב בעבודתה במצבה הכלכלי של המדינה ובמגבלות המשאבים הציבוריים.
חברי הועדה מונו על בסיס אישי והם: שופטת בית המשפט העליון שושנה נתניהו (יו"ר הועדה ); שני מנהלי בתי חולים – פרופ' שמואל פנחס, מנכ"ל בית החולים הדסה ירושלים, ופרופ' מרדכי שני, מנהל בית החולים שיבא, תל-השומר; פרופ' דב טשרניחובסקי, כלכלן בריאות מאוניברסיטת בן גוריון; ופרופ' אריה שירום, מומחה ליחסי עבודה מאוניברסיטת תל אביב.
ועדת נתניהו פעלה באופן שונה מועדות חקירה ממלכתיות אחרות, בכך שבדקה את כלל המערכת בראייה כלכלית וחברתית שלמה. לעומת ועדות חקירה קודמות שהתמנו במשך השנים ועסקו רק בבדיקת עובדות העבר, התבקשה ועדת נתניהו להמליץ על שינויים בתפקוד המערכת, כדי לשפר את יעילות מערכת הבריאות בעתיד. בועדת נתניהו הוחלט לא לייחס חשיבות רבה לנושא האחריות האישית, לעומת היבטים כלכליים, חברתיים וארגוניים של המערכת.
ועדת החקירה איתרה במהלך עבודתה מספר בעיות עיקריות של מערכת הבריאות ובהם ליקויים בשירות לאזרח, ריבוי תפקידים של משרד הבריאות, אשר פוגם בתפקודו, כללי מימון ותקציב מעורפלים – חוסר קשר בין תקציב לתפוקות והיעדר תמריץ להתייעלות, היעדר כלים ניהוליים וסרבול בארגון – כפל תפקידים ,בזבוז וכח אדם לא מקצועי ( מבחינה ניהולית ).
בתום העבודה שנמשכה יותר משנתיים קיבל שר הבריאות דאז אהוד אולמרט הצעה לרפורמה מקיפה ומהפכנית בכל מערכת הבריאות. מתוך הבנת הדינמיקה בהתפתחות שרותי הבריאות בארץ ובעולם, התרכזה הוועדה בהמלצות שהשפעתן לטווח הארוך, תוך התייחסות למסגרת החברתית הכוללת שמערכת הבריאות מצויה בה, והציגה את שלוש המלצותיה העיקריות:
- חקיקת חוק ביטוח בריאות ממלכתי
- הפיכת כל בתי החולים הכלליים שבבעלות ממשלתית ובבעלות קופת החולים הכללית לבתי חולים עצמאיים
- הפיכת משרד הבריאות לגוף הקובע מדיניות, קובע סטנדרטים ומפקח עליהם, תוך הפסקת תפקידו כגוף המספק שרותי בריאות.
לנוכח מגבלת המשאבים הכללית לא המליצה הוועדה על הגדלת המשאבים של מערכת הבריאות, להוציא מספר תחומים מוזנחים כגון קשישים, פסיכיאטריה, שיניים, קידום בריאות ופיתוח מערכות מידע. חברי הוועדה היו ערים לכך שבשלב הביניים יהיה צורך בתוספת משאבים ליישום כלל הרפורמה, אולם הרפורמה עצמה תביא לשימוש יעיל יותר במשאבים נתונים ואינה כרוכה בתוספת משאבים.
הוועדה קבעה שמרביתם של מקורות מימון המערכת יהיו ציבוריים ויעודיים לצרכי בריאות – וזאת כדיי להמנע מההתנצחות התמידית בין משרדי הבריאות והאוצר ולאפשר למערכת לתפקד מתוך ודאות לגבי היקף המשאבים העומדים לרשותה בכל שנה.
אלה מקורות המימון העיקריים הנגזרים מחקיקתו של חוק ביטוח בריאות ממלכתי:
- דמי ביטוח בריאות – ייגבו מכלל האוכלוסייה על ידי המוסד לביטוח לאומי ויחליפו את המס האחיד ודמי החבר. שיעורם יקבע בחוק בצורה פרוגרסיבית ויתבסס על רמת ההכנסה. (דמי חבר בהסתדרות הכללית היו קרויים, עד סוף שנת 1994, בשם מס אחיד. בנוסף לחברות בהסתדרות הכללית העניק המס האחיד ביטוח רפואי בקופת חולים הכללית. כתוצאה מכך, רבים ממשלמי המס האחיד עשו זאת לשם קבלת ביטוח רפואי, ולא לשם חברות בארגון עובדים ).
בחישוב גובה דמי הביטוח יש לכלול גם את המימון הממשלתי הקיים כיום לנושאים כגון שרותי בריאות הציבור, שרותים גריאטריים ופסיכיאטריים, ותמיכה במוסדות ציבוריים. הכללת נושאים אלה תחייב העלאת דמי הביטוח מעבר לשיעור מסי החבר הנוכחיים ( עד 1994 ), ולכן הומלץ לקזז העלאה זו בהורדת שיעורי מס ההכנסה.
- מס מקביל – ימשיך להיות משולם במתכונתו הנוכחית על ידי מעבידים ועצמאים וייועד למערכת הבריאות. הקריטריונים לחלוקת ההכנסות ממקור זה ישתנו ויקבעו על ידי קפיטציה. (מס יעודי ששימש למימון פעולתן של קופות החולים, בהתאם להוראות חוק מס מקביל. המס נגבה מהמעבידים על-ידי המוסד לביטוח-לאומי יחד עם דמי הביטוח הלאומי, וחולק בין קופות החולים השונות באופן יחסי למספר החברים בכל קופה (בהתאם למפקד שעורך המוסד לביטוח-לאומי מדי שנים אחדות) ולפי קריטריונים נוספים, שעל טיבם ניטש ויכוח בין קופות החולים. המס בוטל בשנת 1997, לשם הורדת עלות השכר).
- המוסד לביטוח לאומי – תשלומי ענף אמהות בגין אשפוז יולדות, ואחזקה שוטפת של מטופלים על פי חוק הסיעוד. המוסד לביטוח לאומי ימשיך לממן את ההשתתפות הכספית בגין הוצאות בריאות למעוטי הכנסה ולנכים.
- השתתפות הממשלה – תכלול כיסוי ביטוחי עבור קבוצות מוגדרות הזכאיות לכך על פי דין (השלמת הכנסה). כן תכלול השתתפות הממשלה מימון תפקידים שימשיכו להתקיים במשרד הבריאות, כגון השקעות, טיפול בשעת חירום, ציוד רפואי יקר וכל התפקידים האחרים כמינסטריון. היקף השתתפות הממשלה ייקבע "ככל שתחליט הממשלה".
- תשלום עבור שירותים – הוועדה המליצה להמשיך ולגבות תשלומים עבור שירותים שעבורם נגבה תשלום גם לפני החלת החוק. נוסף לכך המליצה הוועדה לגבות אגרת ביקור אצל רופא ברפואה האמבולטורית.
- אחר – רשויות מקומיות ימשיכו לספק שירותי בריאות ולממנם במתכונתם הנוכחית. תרומות יהוו מקור הכנסה נוסף.
על פי המלצות הוועדה, רוב מקורות המימון של המערכת יועברו לרשות הבריאות האזורית על בסיס קפיטציה, ורשות הבריאות תקצה לכל קופה באזור את תקציבה, גם כן לפי שיטת קפיטציה.
בהקצאה זו לא יכללו תשלומים בגין טיפול רפואי לזכאים (מקבלי השלמת הכנסה) ו/או תשלומים על ידי צד שלישי אחר (תאונות), אשר יועברו ישירות לגורם האחראי על הספקת השירות.
וועדת נתניהו לא הייתה הוועדה הראשונה שבדקה היבטים שונים של מערכת הבריאות, כך שרוב הצעות השינוי במערכת היו מוכרות וידועות זה זמן רב. ייחודה העיקרי היה בהתייחסות רחבת היריעה שהציגה, תוך ראייה אינטגרטיבית של כלל מערכת הבריאות על כל מורכבויותיה. שלושת ההמלצות של הוועדה אומצו על ידי כל שרי הבריאות. אהוד אולמרט וחיים רמון הם אלה שהשקיעו את רב המאמץ בחקיקת חוק ביטוח הבריאות הממלכתי אשר עבר בכנסת בסופו של דבר ביוני 1994 ונכנס לתוקפו בינואר 1995, ובכך יושמה אחת ההמלצות העיקריות של ועדת נתניהו. שאר ההמלצות נתקלו במשך השנים בקשיים במימושם הן עקב החשש בשינוי הארגוני והן עקב החשש משינוי ביחסי הכוחות הפוליטיים. המלצה נוספת, רביעית, של הוועדה – ארגון השירותים על בסיס אזורי נדחתה על ידי שרי הבריאות דאז (אולמרט, ואחריו רמון).